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世界上最快的超级计算机识别出候选的冠状病毒药物

沐鸣测速

Summit总部设在田纳西州的橡树岭国家实验室,研究人员利用它在合理的时间范围内执行极其复杂的任务,如气候模拟和确定某些疾病的风险因素。
 
现在,科学家们已经利用这台机器来识别几十种药物化合物,沐鸣测速这些化合物有可能通过阻止病毒感染宿主细胞来对抗目前正在进行的Covid-19大流行。Covid-19是由一种新型冠状病毒引起的。
 
冠状病毒通过一种本质上是通过一种“刺”蛋白(s蛋白)注射遗传物质来感染宿主细胞。田纳西大学(University of Tennessee)博士后研究员史密斯(Micholas Smith)利用新型冠状病毒的峰值蛋白与ACE2受体相互作用的3D模型,来识别与病毒的s蛋白结合的分子,从而从本质上“填补”了病毒感染宿主细胞的界面。
 
Smith和他的同事们在报告中写道:“鉴于SARS-Cov-2的爆发可能很快成为一个全球性的挑战,沐鸣测速地址识别和重新利用已经具有良好特征的小分子并批准用于抗击这种疾病的药物将大有裨益。”
 
利用Summit来模拟s蛋白对8000多种不同分子的反应,研究人员得以从数千种化合物中筛选出77种有可能阻止病毒感染宿主细胞的化合物。其中7个已经获得了监管部门的批准,或者已经有了多个先前的研究,结果很有希望——被强调为最有可能的结果。
 
研究人员计划在超级计算机上进行第二次模拟,使用更精确的冠状病毒s蛋白模型,该模型最近发表在《科学》(Science)杂志上(他们的模型是基于今年1月发表的研究成果)。
 
“我们需要Summit来快速获得我们需要的模拟结果。我们花了一两天的时间,而在一台普通电脑上要花几个月的时间,”橡树岭国家实验室(Oak Ridge National Laboratory Center)分子生物物理学主任杰里米·史密斯(Jeremy Smith)说。
 
“我们的研究结果并不意味着我们已经找到了治疗这种冠状病毒的方法。尽管如此,我们还是很有希望的,我们的计算结果将为未来的研究提供信息,沐鸣测速并为实验员进一步研究这些化合物提供一个框架。只有到那时,我们才能知道他们中是否有人表现出缓解这种病毒所需要的特征。”
 
实验研究将是下一步的关键步骤,以证明哪些化合物在抵御病毒方面最有效。与冠状病毒大流行继续在全球迅速蔓延,迫使政府采取措施前所未有的包含在和平时期,上有巨大压力科学家开发出了一种安全、有效的治疗病毒在几个月而不是十年左右的时间通常需要这样的治疗开发,推广和批准。